Jerarquía directorios GNU/Linux

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/ (raíz): Es el nivel más alto dentro de la jerarquía de directorios. De aquí cuelgan el resto de carpetas, particiones y otros dispositivos. Es por esto que donde se instala el sistema, se selecciona la partición deseada y se le indica que el punto de montaje es justamente /.
/bin (binarios): Los binarios son los ejecutables de Linux. Aquí tendremos los ejecutables de los programas propios del sistema operativo, entre ellos comandos como cp, mv, cat, chown, etc. No es el único directorio que contiene ejecutables como veremos más adelante.
/boot (arranque): Aquí nos encontramos los archivos necesarios para el inicio del sistema, desde los archivos de configuración de Grub Lilo, hasta el propio kernel del sistema.
/dev (dispositivos): Linux se basa en la simpleza y en el tratamiento homogéneo de la información. Linux trata los dispositivos como si fueran un fichero más para facilitar el flujo de la información. En esta carpeta tenéis los dispositivos del sistema, por ejemplo los usb, sda (o hda) con sus respectivos números que indican las particiones, etc.
/etc (etcétera): Aquí se guardan los ficheros de configuración de los programas instalados, así como ciertos scripts que se ejecutan en el inicio del sistema. Los valores de estos ficheros de configuración pueden ser complementados o sustituidos por los ficheros de configuración de usuario que cada uno tiene en su respectivo “home” (carpeta personal).
/home (hogar): Este hogar no es más que un directorio que a su vez contiene otros, uno por cada usuario dado de alta en el sistema. Dentro de dichos directorios es donde el usuario tiene su carpeta personal, donde están los ficheros de configuración de usuario, así como los archivos personales del mismo que puede crear, modificar y eliminar bajo su propio criterio.
/lib (bibliotecas): Contiene las bibliotecas (tambien mal conocidas como librerías) del sistema, así como módulos y controladores (drivers).
/lost+found (perdido y encontrado): Es una carpeta que nos podemos encontrar en todas las particiones. Cuando por cualquier circunstancia se cierra mal el sistema (un apagón por ejemplo), cuando éste se reinicie comprobaréis que se llamará al programa fsck para restaurar la integridad del sistema de ficheros. En esta carpeta encontraremos la información que se mal-guardó debido a la incidencia.
/media (media/medios): Es donde se montan las unidades extraíbles como los dispositivos USB, disqueteras, unidades de CD/DVD y en algunas distros, como Ubuntu, las particiones adicionales.
/mnt (montajes): Es un directorio que se suele usar para montajes temporales de unidades.
/opt (opcionales): Destinado para guardar paquetes adicionales de aplicaciones.
/proc: Información para la virtualización del sistema de ficheros de Linux.
/root: Es el /home del administrador. Es el único /home que no está incluido -por defecto- en el directorio anteriormente mencionado.
/sbin (binarios de sistema): Son los ejecutables de administración, tales como mount, umount, shutdown…
/srv (servicios): Información del sistema sobre ciertos servicios que ofrece (FTP, HTTP…).
/sys (sistema): Información sobre los dispositivos tal y como los ve el kernel Linux.
/tmp (temporales): Es un directorio donde se almacenan ficheros temporales. Cada vez que se inicia el sistema este directorio se limpia.
/usr: Es el directorio padre de otros subdirectorios de importancia:
/usr/bin: Conjunto de ejecutables de la mayoría de aplicaciones de escritorio entre otras (por ejemplo firefox).
/usr/include: Los ficheros cabeceras para C y C++.
/usr/lib: Las bibliotecas para C y C++.
/usr/local: Es otro nivel dentro que ofrece una jerarquía parecida al propio diretorio /usr.
/usr/sbin: Otra serie de comandos administrativos para el sistema.
/usr/share: Archivos compartidos como ficheros de configuración, imágenes, iconos, etc.
/usr/src: Tiene en su interior el código fuente para el kernel LInux.
var: Ficheros de sistema como el buffer de impresión, logs…
/var/cache: Se almacenan datos cacheados para las aplicaciones.
/var/lib: Información sobre el estado actual de las aplicaciones, modificable por las propias aplicaciones.
/var/lock: Ficheros que se encargan de que un recurso sólo sea usado por una aplicación determinada que ha pedido su exclusividad, hasta que ésta lo libere.
/var/log: Es uno de los subdirectorios más importantes ya que aquí se guardan todo tipo de logs del sistema.
/var/mail: Los correos de los usuarios.
/var/opt: Datos usados por los paquetes almacenados en /opt.
/var/run: Información sobre el sistema desde que se inició.
/var/spool: Datos esperando a que sean tratados por algún tipo de proceso.
/var/tmp: Otro fichero temporal.