El proceso de multiplexado es muy parecido pero a la inversa,

una vez separado el audio y el video, abres el video con VirtualDub, y como en la imagen, seleccionas en el apartado Video la opción Direct stream copy




después en el apartado Audio abres tu archivo de sonido, marcas también ahí Direct stream copy y ya solo te queda ir a File y Save as AVI, le das nombre y a esperar unos minutos

Si por ejemplo tuvieras el sonido con formato: mp3, ac3 u ogg, este proceso no podrás hacerlo con VirtualDub, pero si con NanDub

Saludos