Cualquier windows que se instale teniendo algun sistema gnu/linux instalado, machaca el grub, asi que tienes que reinstalarlo.
O bien puedes usar supergrub, o intentar reparar-reinstalar el grub desde cualquier sistema gnu/linux que sea live (ubuntu, archlinux, knnopix....)
Seria conveniente aclarar si usas grub o grub2, supongo que tendras el gub normal.
Fijate bien en esto, ay que el problema esta ahi
Nota: En el paso root (hd0,1), hd0 corresponde al primer disco duro (sda), si nuestro disco fuese sdb o sdc pondriamos hd1 o hd2 respectivamente y el 1 del final corresponde al sda2 ya que en realidad el grub comienza a contar por el 0 y no por el 1 como hace el gparted. Elegimos (hd0,1) porque es la partición donde tenemos instalado el directorio “/” de nuestro sistema.
Nota 2: Si no nos aparece Sistema->Administración->Editor de Particiones de Gnome, abrimos un terminal y instalamos el gparted (sudo aptitude install gparted) y ya nos aparecerá el menu.
http://www.nagrados.org/foro/showthread.php?t=35505

para Grub2-------- http://www.nagrados.org/foro/showthread.php?t=38897

Saludos!!